Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio EcoBIM

Servizi erogati

Analisi del genoma microbico

Descrizione

Estrazione del DNA da colture pure.

Ricostruzione dell’intero genoma mediante:

- Assembly del genoma de novo o reference guidato

- Visualizzazione grafica delle variazioni

- Analisi degli effetti delle varianti sulla funzionalità proteica (predizione in silico)

Identificazione di Single Nucleotide variants (SNVs) e piccole indels (inserzioni e delezioni di basi)

Annotazione strutturale e funzionale del genoma mediante:

- Identificazione di protein coding genes

- Identificazione di rRNA e tRNA

- Identificazione di eventuali elementi ripetuti e trasponibili nel genoma

- Produzione di GFF e BED files

Attrezzature utilizzate

- Cappa a flusso laminare

- Autoclave per sterilizzazione

- Sistema produzione acqua pura

- Microcentrifughe

- Incubatori

- WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards”

Responsabile/

Contatto

Dr. Angelina Lo Giudice

Tel: + 39 090 6015414

E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it