Conto Terzi
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Sede |
Messina |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio EcoBIM |
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Servizi erogati |
Analisi metagenomiche |
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Descrizione |
Estrazione di acidi nucleici (DNA/RNA) da differenti matrici ambientali biotiche e abiotiche; analisi metagenomica target e whole genome mediante: - Classificazione delle specie allineando le reads al database - Analisi OTU clustering first o assignment first - Analisi filogenetica - Analisi comparative tra campioni |
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Attrezzature utilizzate |
- Cappa a flusso laminare - Autoclave per sterilizzazione - Sistema produzione acqua pura - Microcentrifughe - Incubatori - Celle per elettroforesi su gel - WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards” |
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Responsabile/ Contatto
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Dr. Angelina Lo Giudice Tel: + 39 090 6015414 E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it |
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Sede |
Venezia |
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Laboratorio/ Strumento |
Clean Room - Inorganici / CV-AFS |
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Servizi erogati |
Campionamento (secondo US-EPA 1669) Utilizzo di equipaggiamento e lavaggio “ultra-clean” Trattamento del campione con BrCl, NH2OH.HCl, SnCl2 Metodi ufficiali US-EPA 1631 vers. E / UNI-EN 15853: 2010 Impiego di CRMs (Certified Reference Materials) Analisi di: Mercurio totale (HgT) Su acque potabili, acque minerali naturali, acque superficiali, acque di mare, deposizioni atmosferiche, neve, ghiaccio La tempistica con cui si eseguiranno le analisi sarà concordata con il Responsabile |
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Attrezzature utilizzate |
Mercur Plus - Analytik Jena AG Spettrofotometro di fluorescenza atomica a vapori freddi (CV-AFS) con auto-campionatore per matrici liquide |
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Responsabile/ Contatto |
Dr. Massimiliano Vardè Tel: + 39 041 234 8579 E-mail: massimiliano.varde AT cnr.it |
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Sede |
Venezia |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio di Spettrometria di massa ad alta risoluzione (SpeM) |
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Servizi erogati |
Analisi elementare (a livello di ultra-tracce) di campioni ambientali. La tempistica con cui si eseguiranno le analisi sarà concordata con il Responsabile |
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Attrezzature utilizzate |
Thermo Scientific Element XR (Thermo Scientific™ Element™ Series HR-ICP-MS) |
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Responsabile/ Contatto |
Dr. Giulio Cozzi Tel: +39 041 2348935 E-mail: giulio.cozzi AT cnr.it |
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Sede |
Venezia |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio di Spettrometria di Massa (SpeM) / EA Elemental Analyzer |
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Servizi erogati |
Liofilizzazione del campione Pesatura del campione in capsule di stagno/argento Analisi di: Carbonio totale (TC); Azoto totale (TN); Carbonio organico (OC); La tempistica con cui si eseguiranno le analisi sarà concordata con il Responsabile |
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Attrezzature utilizzate |
Liofilizzatore Lio5P EA Elemental Analyzer Flash2000HT Thermo Scientific con doppia fornace, due autocampionatori per solidi |
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Responsabile/ Contatto |
Dr. Clara Turetta Tel: +39 041 234 8947 E-mail: clara.turetta AT cnr.it |
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Sede |
Messina |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio EcoBIM |
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Servizi erogati |
Analisi del Trascrittoma |
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Descrizione |
Estrazione del RNA da colture pure Analisi del trascrittoma mediante: - Assembly del trascrittoma/meta-trascrittoma - Allineamento delle reads sul genoma di riferimento (o sul trascrittoma de novo) per identificare gli mRNA espressi - Test statistico per l'espressione differenziale con visualizzazione grafica dei risultati Annotazione funzionale del trascrittoma mediante: - Identificazione della funzionalità dei trascritti - Predizione della sequenza delle proteine |
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Attrezzature utilizzate |
Cappa a flusso laminare - Autoclave per sterilizzazione - Sistema produzione acqua pura - Microcentrifughe - Incubatori - Celle per elettroforesi su gel - WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards” |
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Responsabile/ Contatto
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Dr. Angelina Lo Giudice Tel: + 39 090 6015414 E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it |
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Sede |
Messina |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio MAMB |
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Servizi erogati |
Analisi della comunità microbica mediante fingerprinting molecolare |
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Descrizione |
Ibridazione in situ (FISH e CARD-FISH) con sonde oligonucleotidiche specifiche |
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Attrezzature utilizzate |
- Microscopio ad epifluorescenza - Incubatori - Apparati da filtrazione |
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Responsabile / Contatto
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Dr. Angelina Lo Giudice e Sig.ra Giovanna Maimone Tel: + 39 090 6015414 E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it - giovanna.maimone AT cnr.it |
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Sede |
Messina |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio EcoBIM |
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Servizi erogati |
Analisi del genoma microbico |
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Descrizione |
Estrazione del DNA da colture pure. Ricostruzione dell’intero genoma mediante: - Assembly del genoma de novo o reference guidato - Visualizzazione grafica delle variazioni - Analisi degli effetti delle varianti sulla funzionalità proteica (predizione in silico) Identificazione di Single Nucleotide variants (SNVs) e piccole indels (inserzioni e delezioni di basi) Annotazione strutturale e funzionale del genoma mediante: - Identificazione di protein coding genes - Identificazione di rRNA e tRNA - Identificazione di eventuali elementi ripetuti e trasponibili nel genoma - Produzione di GFF e BED files |
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Attrezzature utilizzate |
- Cappa a flusso laminare - Autoclave per sterilizzazione - Sistema produzione acqua pura - Microcentrifughe - Incubatori - WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards” |
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Responsabile/ Contatto
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Dr. Angelina Lo Giudice Tel: + 39 090 6015414 E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it |
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Sede |
Messina |
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Laboratorio/ Strumento |
Laboratorio HydroChem |
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Servizi erogati |
Analisi dei nutrienti, pH e O2 |
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Descrizione |
Determinazione dei nutrienti (ammoniaca, nitriti, nitrati e fosforo sia disciolto che totale) Misure di pH Misure di Ossigeno Disciolto |
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Attrezzature utilizzate |
Spettrofotometro Varian Cary 50 UV/VIS, pHmetro, buretta digitale per titolazione ossigeno disciolto |
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Responsabile/ Contatto |
Dr. Filippo Azzaro Tel: + 39 0906015419 E-mail: filippo.azzaro AT cnr.it |