Contenuti_italiano

9 - Quantificazione di cellule con attività respiratoria

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio MAMB

Servizi erogati

Quantificazione di cellule con attività respiratoria

Descrizione

Analisi digitale delle immagini ottenute dalle osservazioni al microscopio per la quantificazione delle cellule dotate di attività respiratoria (CTC+).

Attrezzature utilizzate

Microscopio ad epifluorescenza Zeiss AXIOPLAN 2 Imaging equipaggiato con videocamera digitale AXIOCAMHR (Zeiss) e software AXIOVISION 3.1.

Responsabile/ Contatto

Sig.ra Giovanna Maimone

Tel: + 39 090 6015423

E-mail: giovanna.maimone AT cnr.it

 

 

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10 - Quantificazione di cellule vitali con membrane integre

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio MAMB

Servizi erogati

Quantificazione di cellule vitali con membrane integre

Descrizione

Analisi digitale delle immagini ottenute dalle osservazioni al microscopio per la quantificazione delle cellule vitali con membrane integre (Live/Dead)

Attrezzature utilizzate

Microscopio ad epifluorescenza Zeiss AXIOPLAN 2 Imaging equipaggiato con videocamera digitale AXIOCAMHR (Zeiss) e software AXIOVISION 3.1.

Responsabile/ Contatto

Sig.ra Giovanna Maimone

Tel: + 39 090 6015423

E-mail: giovanna.maimone AT cnr.it

 

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13 - Determinazione del contenuto in pigmenti clorofilliani

Sede

 Messina

Laboratorio/

Strumento

 Laboratorio BiogeM

Servizi Erogati

 Determinazione del contenuto in pigmenti clorofilliani

Descrizione

 Filtrazione campione di acqua su filtri Whatman GF/F, per la determinazione del contenuto   totale,   o  su filtri con porosità differente per le frazioni pico (0.2-2µm), nano (2-20µm), e micro   (20-200µm)

 Estrazione dei pigmenti clorofilliani mediante trattamento con acetone

 Misura fluorimetrica del contenuto in pigmenti,mediante calibrazione con uno standard di   clorofilla   da Anacystis nidulans

Attrezzature utilizzate

 Omogenizzatore

 Spettrofluorimetro Varian mod.Cary eclipse

Responsabile/

Contatto

 Dr. Franco Decembrini

 Tel: + 39 0906015413

 E-mail: franco.decembrini AT cnr.it

 

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8 - Determinazione della biomassa procariotica

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio MAMB

Servizi erogati

Determinazione della biomassa procariotica

Descrizione

Analisi digitale delle immagini ottenute dalle osservazioni al microscopio per la determinazione della biomassa dei procarioti mediante conteggio e caratterizzazione morfometrica e morfologica delle cellule.

Attrezzature utilizzate

Microscopio ad epifluorescenza Zeiss AXIOPLAN 2 Imaging equipaggiato con videocamera digitale AXIOCAMHR (Zeiss) e software AXIOVISION 3.1.

Responsabile/ Contatto

Sig.ra  Giovanna Maimone

Tel: + 39 090 6015423

E-mail: giovanna.maimone AT cnr.it

 

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11 - Determinazione dell’attività respiratoria microbica

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio BiogeM

Servizi erogati

Determinazione dell’attività respiratoria microbica

Descrizione

Attività respiratoria microbica (O2 consumato, CO2 prodotta) tramite saggio ETS

Attrezzature

utilizzate

- omogenizzatore

- bilancia

- centrifuga refrigerata

- spettrofotometro

Responsabile/

Contatto

Dr. Maurizio Azzaro e Dr. Gabriella Caruso

Tel: +39 090 6015420

E-mail: maurizio.azzaro AT cnr.it – gabriella.caruso AT cnr.it

 

 

 

 

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3 - Caratterizzazione ceppi microbici

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio EcoBIM

Servizi erogati

Caratterizzazione e identificazione ceppi microbici

Descrizione

Tipizzazione ceppi batterici mediante analisi fenotipiche (saggi biochimici, fisiologici e morfologici); saggi di tolleranza ad antibiotici e metalli pesanti; identificazione microbica mediante analisi delle sequenze di specifici target (geni 16S rRNA e 18S rRNA, ITS rRNA); estrazione di acidi nucleici da colture pure.

Attrezzature utilizzate

- Cappa a flusso laminare

- Autoclave per sterilizzazione

- Sistema produzione acqua pura

- Microcentrifughe

- Termociclatore

- Incubatori

- Specifici kit per l’estrazione degli acidi nucleici

- Celle per elettroforesi su gel

Responsabile/ Contatto

Dr. Angelina Lo Giudice

Tel: + 39 090 6015414

E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it

 

 

 

 

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6 - Analisi metagenomiche

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio EcoBIM

Servizi erogati

Analisi metagenomiche

Descrizione

Estrazione di acidi nucleici (DNA/RNA) da differenti matrici ambientali biotiche e abiotiche; analisi metagenomica target e whole genome mediante:

- Classificazione delle specie allineando le reads al database

- Analisi OTU clustering first o assignment first

 - Analisi filogenetica

- Analisi comparative tra campioni

Attrezzature utilizzate

- Cappa a flusso laminare

- Autoclave per sterilizzazione

- Sistema produzione acqua pura

- Microcentrifughe

- Incubatori

- Celle per elettroforesi su gel

- WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards”

Responsabile/ Contatto

Dr. Angelina Lo Giudice

Tel: + 39 090 6015414

E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it

 

 

 

 

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7 - Analisi del trascrittoma

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio EcoBIM

Servizi erogati

Analisi del Trascrittoma

Descrizione

Estrazione del RNA da colture pure

Analisi del trascrittoma mediante:

- Assembly del trascrittoma/meta-trascrittoma

- Allineamento delle reads sul genoma di riferimento (o sul trascrittoma de novo) per identificare gli mRNA espressi

- Test statistico per l'espressione differenziale con visualizzazione grafica dei risultati

Annotazione funzionale del trascrittoma mediante:

- Identificazione della funzionalità dei trascritti

- Predizione della sequenza delle proteine

Attrezzature utilizzate

Cappa a flusso laminare

- Autoclave per sterilizzazione

- Sistema produzione acqua pura

- Microcentrifughe

- Incubatori

- Celle per elettroforesi su gel

- WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards”

Responsabile/

Contatto

Dr. Angelina Lo Giudice

Tel: + 39 090 6015414

E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it

 

 

 

 

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4 - Analisi della comunità microbica mediante fingerprinting molecolare

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio MAMB

Servizi erogati

Analisi della comunità microbica mediante fingerprinting molecolare

Descrizione

Ibridazione in situ (FISH e CARD-FISH) con sonde oligonucleotidiche specifiche

Attrezzature

utilizzate

- Microscopio ad epifluorescenza

- Incubatori

- Apparati da filtrazione

Responsabile /

Contatto

Dr. Angelina Lo Giudice e Sig.ra Giovanna Maimone

Tel: + 39 090 6015414

E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it - giovanna.maimone AT cnr.it

 

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5 - Analisi del genoma microbico

Sede

Messina

Laboratorio/

Strumento

Laboratorio EcoBIM

Servizi erogati

Analisi del genoma microbico

Descrizione

Estrazione del DNA da colture pure.

Ricostruzione dell’intero genoma mediante:

- Assembly del genoma de novo o reference guidato

- Visualizzazione grafica delle variazioni

- Analisi degli effetti delle varianti sulla funzionalità proteica (predizione in silico)

Identificazione di Single Nucleotide variants (SNVs) e piccole indels (inserzioni e delezioni di basi)

Annotazione strutturale e funzionale del genoma mediante:

- Identificazione di protein coding genes

- Identificazione di rRNA e tRNA

- Identificazione di eventuali elementi ripetuti e trasponibili nel genoma

- Produzione di GFF e BED files

Attrezzature utilizzate

- Cappa a flusso laminare

- Autoclave per sterilizzazione

- Sistema produzione acqua pura

- Microcentrifughe

- Incubatori

- WorkStation e utilizzo di softwares “gold standards”

Responsabile/

Contatto

Dr. Angelina Lo Giudice

Tel: + 39 090 6015414

E-mail: angelina.logiudice AT cnr.it 

 

 

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